PartneR: INSTITUT POLITECNICO DI MILANO
Odvětví: ZDRAVOTNICTVÍ
Superpočítače mají zásadní význam pro náročné výpočty. Národní superpočítačové centrum IT4Innovations začalo v roce 2020 spolupracovat s italskou univerzitou Politecnico di Milano a pomáhá výzkumu spojenému s nejdiskutovanějším onemocněním současnosti: COVID-19.
Díky spolupráci s Politecnico di Milano byla vyvinuta aplikace klientského prostředí založená na Jupyter Notebook, která je schopna vytvářet a spravovat exekuce na HPC infrastruktuře prostřednictvím HEAppE Middleware.
Buňky Jupyter Notebooku obsahují předpřipravená volání koncových bodů HEAppE REST API pro vědce/výzkumníky. Vědci/výzkumníci pouze zadávají vstupní data a vyplňují uživatelsky definované parametry potřebné pro vytváření a provádění výpočtů na infrastruktuře HPC.
Klientské prostředí pro vědce/výzkumníky využívá kontejnerovou technologii Jupyter s různými notebooky (v jazycích C# nebo Python), které vědcům/výzkumníkům nabízejí možnost vybrat si, který klientský jazyk je pro jejich výzkumnou činnost vhodnější. Vyvinutá kontejnerizovaná klientská aplikace dává vědcům/výzkumníkům možnost využívat HPC infrastrukturu snadno použitelným způsobem na jejich lokálních počítačích bez nutnosti instalace dalšího softwaru.
Slovo partnera
Gianluca Palermo, Profesor Institutu Politecnico di Milano
"V rámci projektu Exscalate4COV jsme virtuálně prověřili více než 70 miliard molekul jako možných léků proti viru Sars-CoV-2. Právě v tom mají superpočítače velký význam, protože usnadňují rychlý výběr pouze těch nejslibnějších molekul pro další fáze objevování léčiv. Jsme přesvědčeni, že pozitivní zkušenosti, které jsme získali v projektu ANTAREX a v současnosti v projektu LIGATE se společností IT4Innovations, nám mohou pomoci dále urychlit výpočetní proces pro čelení budoucím pandemiím. Během spolupráce jsme použili HEAppE k vyhodnocení přístupu doporučujícího systému pro in-silico virtuální screening v kontextu objevování léčiv. HEAppE pomohl jednomu z mých studentů kombinovat jejich klasické prostředí pro datovou vědu založené na Jupiter Notebook se vzdáleným vykonáváním těžkých pracovních úloh na superpočítačích IT4Innovations."
Tato success story byla podpořena projektem EuroCC. Tento projekt získal finanční prostředky z Evropského společného podniku pro vysoce výkonnou výpočetní techniku na základě grantové dohody č. 951732. Společný podnik získává podporu z programu Evropské unie pro výzkum a inovace Horizont 2020 a Německa, Bulharska, Rakouska, Chorvatska, Kypru, České republiky, Dánska, Estonska, Finska, Řecka, Maďarska, Irska, Itálie, Litvy, Lotyšska, Polska, Portugalska, Rumunska, Slovinska, Španělska, Švédska, Spojeného království, Francie, Nizozemska, Belgie, Lucemburska, Slovenska, Norska, Švýcarska, Turecka, Severní Makedonie, Islandu, Černé Hory. Tento projekt získal finanční prostředky z Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy České republiky (ID:MC2101).