Desítka programátorů z celého světa se na začátku září sešla, aby společnými silami rozvíjela software s názvem FIJI. Hackathon, jak se v IT komunitě takové setkání vývojářů označuje, iniciovali výzkumníci z IT4Innovations, kteří se specializovanými zobrazovacími softwary dlouhodobě zabývají.
Šest dní, vývojáři z Česka, Francie, Německa, Švédska, ale i z USA, celodenní programování, intenzivní diskuze v týmu nad řešením vyvstalých problémů a mnoho šálků kávy. Tak by se dal zkratkovitě popsat FIJI hackathon, který se konal historicky již potřetí pod patronací IT4Innovations, jinak ale už jako čtyřicátý druhý. Pozornost všech přítomných se těsně po letních prázdninách přesunula na software FIJI, který slouží ke zpracování biologických obrazů, například těch z mikroskopie, obrazů buněk, tkání či celých organizmů a který z těchto důvodů primárně využívá široká biologická vědecká komunita.
U vědců oblíbený software však nabízí další prostor pro své zdokonalování, zvláště pak ve smyslu uživatelské přívětivosti. „Software se snažíme upravit tak, aby z něj uživatelé mohli zpracovávat své obrazy paralelně, tedy akcelerovaně na superpočítači. Právě kvůli paralelizaci je potřeba změnit tradiční způsob ukládání obrazů do formátu vhodného pro cluster pro sdílení jak celého obrazu, tak zejména jeho částí. A to jsme započali na zářijovém hackathonu. Podařilo se nám, poprvé ve FIJI, že uživatel vezme svůj velký obraz uložený v novém komunitním formátu, který se jmenuje NGFF resp. OME.Zarr, a zobrazí si jeho obsah ve FIJI. Je to začátek cesty,“ uvádí k dosaženým výsledkům Vladimír Ulman, iniciátor akce, který v IT4Innovations pracuje na pozici výzkumníka a vývojáře algoritmů pro segmentaci a sledování buněk v digitálních obrazech.
Komunitní stránka k akci: https://forum.image.sc/t/fiji-ngff-hackathon-sep-2022-prague-cze/69191/2
Hackathon proběhl v termínu od 5. do 10. září 2022 v pražském hotelu Olšanka, a to hybridní formou. Setkání se účastnili vědci a vývojáři z několika zemí a z renovovaných výzkumných institutů, např. z evropského EMBLu či amerického Janelia kampusu.
FIJI Hackathon 2022 proběhl v rámci projektu IT4Innovations národní superpočítačové centrum – cesta k exascale, jehož hlavním cílem je rozšíření a modernizace výzkumné infrastruktury IT4Innovations tak, aby byla udržena stávající technologická úroveň HPC v České republice v porovnání s rozvinutými, zejména evropskými zeměmi. Projekt rovněž podporuje kvalitní výzkum široké akademické komunity v České republice a rozšíření stávajících výzkumných aktivit v IT4Innovations v oblastech modelování fotonických a spinfotonických struktur, návrhu nových progresivních materiálů na základě výpočtu elektronové struktury a analýzy biologických obrazů s využitím HPC, do čehož zapadá i organizace zmíněného hackathonu.
Hackathon byl uspořádán v rámci projektu OP VVV s názvem „IT4Innovations národní superpočítačové centrum – cesta k exascale“, registrační číslo projektu: CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001791.
