Prvním superpočítačem v IT4Innovations byl Anselm s teoretickým výkonem 94 TFlop/s, provozován v letech 2013 až 2021. V roce 2015 byl uveden do provozu superpočítač Salomon, který v témže roce se svým teoretickým výkonem 2 PFlop/s obsadil 40. místo v seznamu TOP500 nejvýkonnějších superpočítačů světa. Provoz Salomonu byl ukončen v roce 2021.

Od roku 2019 je uživatelům k dispozici specializovaný systém pro výpočty umělé inteligence NVIDIA DGX-2 s výkonem 130 TFlop/s a superpočítač Barbora s výkonem 849 TFlop/s. Ve spolupráci s evropským společným podnikem EuroHPC, sdružující významná evropská superpočítačová centra, byl v roce 2021 v IT4Innovations zprovozněn superpočítač Karolina se špičkovým výkonem 15,7 PFlop/s. V roce své instalace se stal nejvýkonnějším superpočítačem v ČR, 69. na světě dle žebříčku TOP500 a v žebříčku Green500 energeticky nejúčinnějších superpočítačů obsadil skvělé 8. místo. Jelikož se jedná o jeden z EuroHPC petascalových superpočítačů, jsou jeho výpočetní zdroje nabízeny také evropským vědeckým komunitám.

České výzkumné komunity však mají kromě superpočítačů provozovaných v IT4Innovations od konce roku 2021 přístup také k superpočítači LUMI, a to díky členství IT4Innovations v konsorciu LUMI. LUMI, jež se nachází ve finském Kajaani, je se špičkovým teoretickým výkonem 580 PFlop/s nejvýkonnějším evropským superpočítačem a 5. nejvýkonnějším na světě. IT4Innovations se podílí rovněž na jeho provozování.

V roce 2023 podepsalo IT4Innovations s EuroHPC JU jako vedoucí konsorcia LUMI-Q smlouvu o hostování, na jejímž základě bude v IT4Innovations instalován a provozován jeden ze šesti kvantových počítačů EuroHPC v Evropě.

Nejnovějším přírůstkem v IT4Innovations jsou komplementární systémy, které uživatelům poskytují přístup k nastupujícím, netradičním nebo úzce specializovaným hardwarovým architekturám.

Superpočítače